总分机构在季度申报和年度所得税汇算清缴时，应注意的12个问题:

注意一：

首先你要知道，对于总分机构的汇总纳税的企业所得税预缴和汇缴应适用国家税务总局2012年第57号公告《跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法》。

注意二：

对于设立分支机构的总机构，需到其主管税务机关办理税务登记变更手续，增加其分支机构信息。并报送《跨地区经营汇总纳税总分机构备案表（总机构）》完成备案手续。

注意三：

分公司也需到其主管税务机关办理注册税务登记手续。并报送《跨地区经营汇总纳税总分机构备案表（分支机构）》、完成备案手续。

注意四：

总机构应将其所有二级及以下分支机构信息报其所在地主管税务机关备案，内容包括分支机构名称、层级、地址、邮编、纳税人识别号及企业所得税主管税务机关名称、地址和邮编。　　

分支机构应将其总机构、上级分支机构和下属分支机构信息报其所在地主管税务机关备案，内容包括总机构、上级机构和下属分支机构名称、层级、地址、邮编、纳税人识别号及企业所得税主管税务机关名称、地址和邮编。

注意五：

备案信息发生变化的，除另有规定外，应在内容变化后30日内报总机构和分支机构所在地主管税务机关备案，并办理变更税务登记。　　

分支机构注销税务登记后15日内，总机构应将分支机构注销情况报所在地主管税务机关备案，并办理变更税务登记。

注意六：

汇总纳税企业按照《企业所得税法》规定汇总计算的企业所得税，包括预缴税款和汇算清缴应缴应退税款，50%在各分支机构间分摊，各分支机构根据分摊税款就地办理缴库或退库；50%由总机构分摊缴纳，其中25%就地办理缴库或退库，25%就地全额缴入中央国库或退库。

注意七：

总机构应将本期企业应纳所得税额的50%部分，在每月或季度终了后15日内就地申报预缴。总机构应将本期企业应纳所得税额的另外50%部分，按照各分支机构应分摊的比例，在各分支机构之间进行分摊，并及时通知到各分支机构;

各分支机构应在每月或季度终了之日起15日内，就其分摊的所得税额就地申报预缴。

注意八：

总机构应按照上年度分支机构的营业收入、职工薪酬和资产总额三个因素计算各分支机构分摊所得税款的比例;三级及以下分支机构，其营业收入、职工薪酬和资产总额统一计入二级分支机构;三因素的权重依次为0.35、0.35、0.30。

计算公式如下：

某分支机构分摊比例=(该分支机构营业收入/各分支机构营业收入之和)×0.35+(该分支机构职工薪酬/各分支机构职工薪酬之和)×0.35+(该分支机构资产总额/各分支机构资产总额之和)×0.30

注意九：

若下属的分支机构有一家（含）以上需要就地缴纳企业所得税的，总机构在申报企业所得税报表时，申报系统会自动将其“企业类型”勾选为“跨地区经营汇总纳税企业总机构”，除填报一般报表外，还需填报《跨地区经营汇总纳税企业年度分摊企业所得税明细表》（年报适用）、《企业所得税汇总纳税分支机构所得税分配表》（年报和预缴申报表均适用）。　　

若所有分支机构均无需就地缴纳企业所得税，则总机构在申报时系统会自动将其“企业类型”勾选为“一般企业”，申报要求与一般企业相同，无需填写《跨地区经营汇总纳税企业年度分摊企业所得税明细表》和《企业所得税汇总纳税分支机构所得税分配表》。

注意十：

总机构季度预缴企业所得税时，填报《中华人民共和国企业所得税月(季)度预缴纳税申报表(A类，2018年版)》中总分机构纳税人的《A202000企业所得税汇总纳税分支机构所得税分配表》。

由跨地区经营汇总纳税企业的总机构填报，分支机构预缴时需报送经总机构所在地主管税务机关受理的汇总纳税企业分支机构所得税分配表，但无需填报该表。

注意十一：

日常季度申报企业所得税的时候，月（季）度终了之日起十五日内，由实行汇总纳税的总分支机构就地申报预缴。

自2018年二季度起，分支机构申报企业所得税报表时无需填报《企业所得税汇总纳税分支机构所得税分配表》，仅需填报主表第20行“分支机构本期分摊比例”和21行“分支机构本期分摊应补（退）所得税额”。

分支机构分摊所得税额=第15行×全部分支机构分摊比例。跨地区经营（跨省、自治区、直辖市、计划单列市）汇总纳税企业，中央财政集中分配的预缴比例填报50%；省内经营的汇总纳税企业，比例按各省级税务机关确定的分摊比例填报。

注意十二：

总机构进行企业所得税年度汇算清缴时，需要填报《A109000跨地区经营汇总纳税企业年度分摊企业所得税明细表》、《A109010企业所得税汇总纳税分支机构所得税分配表》。

举个案例：

（一）总机构基本情况

某公司成立于2016年，总部位于漳州市芗城区，在漳州市长泰县、漳浦县设有分公司。

（二）汇总纳税企业的设立

总机构2017年在杭州增设分公司（简称杭州分公司）

具体业务流程如下：

1、首先，总机构需到其主管税务机关办理税务登记变更手续，增加其分支机构信息。并报送《跨地区经营汇总纳税总分机构备案表（总机构）》完成备案手续。

2、其次，杭州分公司需到其主管税务机关办理注册税务登记手续。并报送《跨地区经营汇总纳税总分机构备案表（分支机构）》、完成备案手续。

3、同时，晋安区、马尾区分公司需向其主管税务机关报送《跨地区经营汇总纳税总分机构备案表（分支机构）》完成备案手续。

2017年公司数据：

假设总分机构相同税率，计算过程如下：

步骤一：根据分支机构三因素权重计算税款分配比例。

长泰县分公司分配比例=（400÷1000×0.35）+（80÷200×0.35）+（1000÷3000×0.3）=0.14+0.14+0.1=0.38

漳浦县分公司分配比例=（500÷1000×0.35）+（80÷200×0.35）+（1500÷3000×0.3）=0.175+0.14+0.15=0.465

杭州分公司分配比例=（100÷1000×0.35）+（40÷200×0.35）+（500÷3000×0.3）=0.035+0.07+0.05=0.155

步骤二：计算总分支机构应缴纳的税款。

总机构应缴纳的税款=200×50%=100万元，

其中的50万元为财政集中分配所得税，另50万元为总机构应分摊所得税。

分支机构应缴纳的税款=200×50%=100万元。

步骤三：根据分配比例计算分配税款额。

分配总额 200×50%=100万元

长泰县分公司=100×0.38=38万元；

漳浦县分公司=100×0.465=46.5万元；

杭州分公司=100×0.155=15.5万元。